Według podań, budowa kościoła rozpoczęła się w 1333 roku, choć już pół wieku wcześniej w dokumentach wymieniany jest proboszcz kościański Jakub. Wiadomo natomiast na pewno, że od połowy XIV wieku świątynia i parafia były zarządzane przez zakon św. Jana Jerozolimskiego, czyli joannitów (lub inaczej: kawalerów maltańskich). Było tak do połowy XVI wieku. Pierwszym proboszczem diecezjalnym był kanonik Jan Powodowski.
Cenne wyposażenie kościoła zniszczyli lub ukradli Szwedzi. Świetność świątyni przywrócił od 1719 roku proboszcz Szymon Wosiński – dobudował chór, ambonę i odnowił organy. Próby czasu nie przetrwały trzy kościelne dzwony, w tym największy z nich „Assumpta”, ważący ponad 4 tony (Prusacy podczas I wojny światowej przetopili je na armaty). Szczęścia nie miała kościelna wieża, która w 1711 roku zawaliła się i nie została odbudowana. Zachowały się gotyckie portale ostrołukowe.
Piękny ołtarz główny z bogatą dekoracją snycerską pochodzi z późnego renesansu. Ma trzy kondygnacje. Najcenniejszy w świątyni jest tryptyk gotycki z 1507 roku przedstawiający m.in. sceny Męki Chrystusa oraz Zesłania Ducha Świętego. Cenne są również inne ołtarze z okresów od renesansu do rokoko. W kościele odnaleźć można kilka ciekawych nagrobków (w tym Macieja Opalińskiego i jego żony Jadwigi) oraz tablic; jedna nich poświęcona Urszuli, córce wybitnego kościańskiego lekarza należy do najstarszych takich zabytków w Polsce, pochodzi z 1444 roku.
Zwiedzanie tylko przed i po mszach świętych.