Kościół klasztorny cystersów (pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny) powstał w murach opactwa już w XV wieku, czyli w czasach, w których zakonnicy zaczęli proces przenoszenia się z Łekna do Wągrowca. Po pierwotnej budowli pozostały jedynie pojedyncze detale, takie jak głowice filarów, zwornik jednego ze sklepień, wsporniki czy fragmenty gzymsów. Przyczyną był pożar z 1747 roku, który strawił niemal wszystko – świątynię i wyposażenie. Kościół został odbudowany krótko przed końcem XVIII wieku, ale nie ominęły go zawieruchy wojenne. Wkrótce po odbudowie Polska przestała istnieć, a Wągrowiec zajął zabór pruski. W 1835 roku zakonnicy zostali zmuszeni do opuszczenia klasztoru, w którym powstały sąd i więzienie, a kościół został przekazany tutejszej parafii. Z kolei podczas II wojny światowej w świątyni urządzony został magazyn wojskowy, na dodatek podpalony przez wycofujące się wojska niemieckie, co znów niemal doszczętnie zniszczyło obiekt. Po wojnie znów udało się go odtworzyć i tę właśnie bryłę możemy dzisiaj podziwiać.
Najcenniejszym elementem wyposażenia kościoła jest pochodząca z ok. 1510 roku późnogotycka rzeźba Matki Boskiej z Dzieciątkiem. Piękny i bogato zdobiony jest ołtarz główny, odtworzony według wizerunków z 1799 roku. Warte uwagi są też stalle (siedziska dla zakonników) sprowadzone w XVIII wieku z katedry gnieźnieńskiej oraz tron papieski i lektorium, które wykorzystane zostały podczas pielgrzymki papieża Jana Pawła II do Polski w 1997 roku. Wychodząc z kościoła zwróćmy uwagę na mur, którym jest otoczony oraz bramę pochodzącą z okresu baroku.
Zwiedzając kościół pocysterski warto wiedzieć, że zobaczyć można też część dawnego klasztoru, dzisiaj użytkowanego przez zakon paulinów. Szczególnie malowniczy jest wirydarz (dziedziniec klasztorny), który jest otoczony krużgankami, a w jego centralnej części stoi studnia. Z klasztoru prowadzi wejście do podziemi kościoła, gdzie można zobaczyć miejsce pochówku zakonników.