Najciekawszą historię związaną z cystersami ma kościół przyklasztorny, ale niewątpliwie najcenniejsza w Wągrowcu jest inna świątynia – kościół farny pod wezwaniem św. Jakuba Apostoła. Ona również nie uniknęła związków z cystersami. Panuje bowiem przekonanie, że kamienie użyte do jego budowy pochodzą z rozbieranego kościoła cysterskiego w Łeknie.
Pierwsza faza budowy przypada na początek XVI wieku. To okres późnego gotyku i takie właśnie są mury kościoła. Z kolei cenne wyposażenie kościoła reprezentuje okresy od renesansu do rokoko. Renesansowe, z końca XVI wieku, są dwa ołtarze: główny i w kaplicy, ambona oraz polichromia w kaplicy. Warto wspomnieć, że otynkowane szczyty kościoła, widoczne nad wejściem do niego, to także pamiątka z epoki renesansu.
Zwróćcie też uwagę na bardzo ciekawą dzwonnicę z 1847 roku. Ma ona murowaną z cegły podstawę i drewniane zwieńczenie. Dawny dzwon z tej dzwonnicy, który służył przez kilkaset lat został zdjęty i wymieniony, ale można go zobaczyć, bo stoi na cokole obok dzwonnicy.
Przed kościołem można zobaczyć także pomnik księdza Jakuba Wujka, autora pierwszego polskiego przekładu Biblii.
Wnętrze kościoła można zwiedzać przed i po mszach świętych lub z przewodnikiem po wcześniejszym zgłoszeniu w Muzeum Regionalnym w Wągrowcu.