Powstanie opactwa w Łeknie opisuje dokument z 1153 roku, kończący trwający co najmniej kilka lat proces fundacji. Archeolodzy oceniają ten dokument jako jeden z „najciekawszych zabytków kultury wczesnośredniowiecznej, jakie zachowały się na ziemiach polskich”. To za sprawą arcybiskupiej pieczęci, którą uważa się za najstarszą polską pieczęć.
Klasztor powstał na zachodnim brzegu jeziora Łekneńskiego na tzw. półwyspie naprzeciw dzisiejszej wsi Łekno, w miejscu wcześniejszego grodu. Natomiast zakonnicy przybyli z Altenbergu, leżącego nieopodal Kolonii, i z czasem mieli obsadzić swoimi zakonnikami klasztory w Lądzie nad Wartą i Obrze.
Opactwo było prężne i miało wiele przywilejów. Najważniejszym z nich było prawo do lokacji miasta w Tarnowie Pałuckim. To jednak nie udało się, a miastem cystersów stał się później Wągrowiec.
Cystersi w Łeknie zajmowali się uprawą roli, hodowlą zwierząt i rzemiosłem, w tym garbarstwem, stolarstwem i przetapianiem srebra. Opactwo było jednym z najbogatszych na ziemiach polskich. Podczas prac wykopaliskowych archeolodzy znaleźli szczątki kostne wielu zwierząt hodowlanych i dzikich, a nade wszystko „największy na Niżu Europejskim zbiór szczątków śledzia bałtyckiego”.
Opactwo w Łeknie istniało do przełomu XIV i XV wieku, później zakonnicy przenieśli się do Wągrowca. Naukowcy uważają, że było to spowodowane osiadaniem fundamentów kościoła i budynków klasztornych. Po pierwszym na ziemiach polskich opactwie cystersów pozostały jedynie fundamenty. Można je oglądać w sezonie letnim.