Franciszkanie pojawili się w Koninie z inicjatywy arcybiskupa gnieźnieńskiego Jana Wężyka. Dokument lokujący zakon w mieście podpisał w 1631 roku sam król Zygmunt III Waza. Pierwszy kościół był zbudowany z gliny i drewna, tak jak nakazywały surowe reguły zakonne. Przetrwał tylko 30 lat, spłonął w pożarze. Odbudowany został jako budowla murowana pod przewodnictwem brata Mateusza Osieckiego, twórcy katedry w Łucku. Jednocześnie zaczęły się wznosić mury klasztoru. Reformaci zostali z klasztoru usunięci w 1864 roku za czynny udział w Powstaniu Styczniowym.
Wnętrze kościoła jest urządzone w stylu późnego baroku. Warto tu zajrzeć w poniedziałki lub wtorki. W poniedziałki, gdyż lewy ołtarz boczny jest przesłaniany obrazem św. Franciszka z Asyżu. Dzieje się tak dlatego, że w poniedziałki odbywają się nabożeństwa ku czci tego świętego. We wtorki natomiast – w dni modlitw do św. Antoniego – prawy ołtarz jest przesłaniany obrazem św. Antoniego.
Kościół po mszach świętych jest zamykany, ale udostępniany dla turystów po zgłoszeniu się do kancelarii.